Actualmente, la electroforesis capilar es una técnica ampliamente utilizada en laboratorios analíticos en todo el mundo, en áreas como: análisis automatizado y cuantitativo de productos biológicos, investigación proteómica, metabolómica o genómica, o en pruebas ambientales y de alimentos.

En comparación con otras técnicas de separación, la electroforesis capilar ofrece separaciones altamente eficientes, precisión, robustez, tiempos de análisis más cortos, versatilidad y capacidades de micro muestras, unido a un consumo minimizado de solventes y reactivos.